9  mrxs to OME-NGFF/TIFF

通过NGFF-Converter将mrxs格式转为OME-NGFF或OME-TIFF，并用QuPath打开

在某些情况下，可能QuPath不能正确的打开mrxs格式图片(1), (2)。

在这里通过NGFF-Converter（Glencoe SOFTWARE，美国；https://www.glencoesoftware.com/products/ngff-converter/）尝试将mrxs格式图片（即HE切片、PAS切片、和多色荧光切片）转为OME-NGFF和OME-TIFF格式，并在QuPath打开测试。

1. mrxs格式HE图片转为OME-NGFF和OME-TIFF格式

图片格式转换界面。

mrxs（左上；server type：OpenSlide）、OME-NGFF（左下；server type：Bio-Formats）、和OME-TIFF（右上；server type：Bio-Formats）。Server type由QuPath决定。

肉眼感觉mrxs和OME图片的颜色不统一？可能是因为彼此默认的server type不同（或其它原因）导致的，但对应像素的rgb值是相同的，因此不用担心。

2. mrxs格式PAS图片转为OME-NGFF和OME-TIFF格式

mrxs（左上；server type：OpenSlide）、OME-NGFF（左下；server type：Bio-Formats）、和OME-TIFF（右上；server type：Bio-Formats）。Server type由QuPath决定。

3. mrxs格式多色荧光图片转为OME-NGFF和OME-TIFF格式

mrxs（左上；server type：OpenSlide）、OME-NGFF（左下；server type：Bio-Formats）、和OME-TIFF（右上；server type：Bio-Formats）。Server type由QuPath决定。

mrxs格式多色荧光图片不能被QuPath正确打开：识别成了rgb图片（即无荧光通道信息）；没有金字塔信息；图片含有矩形灰色区域(2)。

转换后的OME-NGFF和OME-TIFF则能被QuPath正确打开。

如果遇到其它软件不能正确打开mrxs时，不妨用NGFF-Converter转换为OME-NGFF或OME-TIFF试试。

给我买杯茶🍵

References

1.

QuPath, Supported image formats_MRXS (3D HISTECH) (2026). https://qupath.readthedocs.io/en/0.7/docs/intro/formats.html#mrxs-3d-histech.

2.

iAmHealthy, 用QuPath打开mrxs格式切片图像的问题 (2026). https://bioinfo-scitech-image-more1.netlify.app/2025-09-30_%E7%94%A8qupath%E6%89%93%E5%BC%80mrxs%E6%A0%BC%E5%BC%8F%E5%88%87%E7%89%87%E5%9B%BE%E5%83%8F%E7%9A%84%E9%97%AE%E9%A2%98.